В 1670 году при расширении основанного в 1661 году Иркутского острога были построены воеводский двор, хлебные амбары и деревянная церковь. Появилось в остроге и затворное помещение, куда запирали заложников для последующего обмена на ясак – выкуп. В те же годы появилась острожная подземная темница.
Для прокормления колодников из казны не выделялось никаких средств. Обязанность содержать их государство возложило «на людей, приведших их и на их хозяев». Правительство вынуждено было даже «дозволять арестантам снискивать себе пропитание милостынею». Скудность средств, поступавших на содержание тюремных дворов, порождала еще одну проблему, В 1767 году князь Вяземский доносил, что в некоторых тюрьмах, приближенных к Москве, «теснота превеликая, крыши ветхи и грозят обрушиться».
Не лучше обстояли дела в других городах. В Иркутске особенно остро стоял вопрос о том, как прокормить ссыльных. Городской голова Михаил Сибиряков, пользуясь именем Думы, обратился в 1793 году к губернатору с такой резолюцией: «Умножившийся в городе сорт ссыльных, следующих или к поселению, или к отсылке в казенные работы… эти люди требуют, как и настоящие жители, подвозимого из селений в рынок пропитания». И далее: от ссыльных «кроме опасности жителям в рассуждении побегов и воровства, часто бываемого, не видно пользы». Изложенные на бумаге серьезные выводы городского головы упали на весьма благодатную почву. И уже в 1799 году в Иркутске открылся Рабочий дом для знавших ремесла арестантов.
Иркутский тюремный замок (сегодня - административный корпус СИЗО-1)
Параллельно с освоением края и становлением Иркутска как торгового, административного центра, увеличивался поток ссыльных в Восточную Сибирь. Необходимость увеличения мест для содержания заключенных привела к строительству в середине XIX века новой тюрьмы. Это учреждение было введено в строй в декабре 1861 года. В дореволюционной России иркутская тюрьма была одной из 12 крупнейших тюрем в стране. Летопись упоминает, что «из казенных каменных зданий самое красивое, по странной игре случая, была тюрьма, или, как называли в Иркутске, острог. На главный фас его выходила церковь во имя Св. Бориса и Глеба, куда заключенные каждое воскресенье приходили слушать божественную службу. Острог стоял за городом, в местоположении весьма живописном».
В последней четверти XIX века в России стали создаваться крупные тюрьмы – централы. В 1873 году в 80 верстах от Иркутска была учреждена Александровская центральная каторжная тюрьма.
После Октябрьской революции Министерство юстиции было переименовано в Наркомат юстиции, в ведении которого находилось Главное управление мест заключения. В эти годы крупные лагеря становятся основным элементом в общей организационной структуре мест лишения свободы. Заключенных начинают рассматривать как стратегический источник рабочей силы.
С 1930 года начинается период ГУЛАГа, открывающийся постановлением Совета Народных комиссаров СССР от 11 июля 1929 года «Об использовании труда уголовно-заключенных» и последовавшей за этим организацией первых исправительно-трудовых лагерей.
Именно в эти годы на территории Иркутской области произошел значительный рост числа исправительных учреждений. Такие учреждения появились сразу в нескольких районах области: Тайшетском, Нижне-Илимском, Усть-Кутском, Усольском. Однако особенную известность суждено было получить лагерям на территории Тайшетского района. В 1937 году в Тайшете был организован Южлаг. После он был переименован в Тайшетлаг, Тайшетстрой. С началом строительства Байкало-Амурской магистрали произошло объединение Тайшетлага с Ангарлагом. Объединенный исправительно-трудовой лагерь именовался Ангарским с местом дислокации в Братске. Позднее на его базе сформировался особый лагерь № 7 – Озерстрой, он же Озерлаг. Затем был образован Иркутский куст (исправительные колонии № 3, 4, 6), позднее Ангарский (исправительные колонии № 2, 7, 14, 15).
В 1960-х годах создаются исправительные учреждения в Усть-Кутском и Братском районах. В это же время в Ангарске образована воспитательно-трудовая колония для малолетних нарушителей.
В 1970-е годы созданы исправительные колонии в Зиминском районе. Тогда же под Иркутском была построена колония № 19.
В 1995 году в структуре Управления исполнения наказаний УВД Иркутской области организован Учебный центр.
В декабре 2006 года создан самый молодой следственный изолятор в регионе – СИЗО-6.
26 марта 2014 года в ГУФСИН России по Иркутской области прошла торжественная церемония вручения знамени территориального органа. Знамя ГУФСИН России по Иркутской области представляет собой полотнище, на лицевой стороне которого изображен герб Российской Федерации, а на оборотной стороне – черный бабр, держащий в пасти червлёного соболя. По углам полотнища с обеих сторон помещено изображение крепости. Между бастионами крепости – меч и ликторский пучок, на которые наложен «столп Закона».
За свою историю уголовно-исполнительная система Иркутской области сменила множество названий, в том числе:
1961 – 1969 – Управление мест заключения Управления внутренних дел Иркутского облисполкома (УМЗ)
1969 – 01.1991 – Управление исправительно-трудовых учреждений Управления внутренних дел Иркутского облисполкома (УИТУ)
01.1991 – 12.1992 – Управление по исправительным делам Управления внутренних дел Иркутского облисполкома (УИД)
12.1992 – 08.1993 – Служба по исправительным делам и социальной реабилитации Управления внутренних дел Иркутской области (СИДиСР)
08.1993 – 08.1998 – Управление исполнения наказаний Управления внутренних дел Иркутской области (УИН)
08.1998 – 04.1999 – Управления исполнения наказаний Министерства юстиции Российской Федерации по Иркутской области (УИН)
04.1999 – 01.2005 – Главное управление исполнения наказаний Министерства юстиции Российской Федерации по Иркутской области (ГУИН)
С 01.2005 – Главное управление Федеральной службы исполнения наказаний по Иркутской области (ГУФСИН)
Руководители уголовно-исполнительной системы Иркутской области:
1961 – 1963 – Каракулев Анатолий Петрович, начальник УИТЛК УМВД по Иркутской област, полковник.
1963 – 1973 – Протопопов Владимир Викторович, начальник УМЗ УВД Иркутского облисполкома, начальник УИТУ УВД Иркутской области, полковник.
1973 – 1982 – Беляев Всеволод Иванович, начальник УИТУ УВД Иркутской области, полковник внутренней службы.
1982 – 1991 – Виталий Васильевич Баландин, начальник УИТУ УВД Иркутской области, начальник УИД УВД Иркутской области, полковник внутренней службы.
1991 – 1993 – Владимир Васильевич Михайличенко, начальник СИДиСР УВД Иркутской области, полковник внутренней службы.
08.1993 – 16.07.2004 – Борис Леонтьевич Гроник, начальник УИН УВД Иркутской области, начальник УИН МЮ России по Иркутской области, начальник ГУИН МЮ России по Иркутской области, генерал-лейтенант внутренней службы.
20.07.2005 – 08.06.2015 – Павел Васильевич Радченко, начальник ГУФСИН России по Иркутской области, генерал-лейтенант внутренней службы.
08.03.2016 – 09.02.2018 – Анатолий Дмитриевич Киланов, начальник ГУФСИН России по Иркутской области, генерал-майор внутренней службы.
С 02.03.2020 – Леонид Алексеевич Сагалаков, начальник ГУФСИН России по Иркутской области, полковник внутренней службы